La Corporación Cafe Scientifique-Ecuador tiene una estructura sencilla: u dirección y administración corresponden, en su orden a la Asamblea General, el Comité Científico y la Dirección Ejecutiva.

En diciembre del 2007 se efectuó la Asamblea General constituida por todos los socios y se nombró una Directiva que quedó conformada de la siguiente manera:

• Presidenta: Alexandra Alvarado, Instituto Geofísico Nacional, IGN
• Directora Ejecutiva: María del Carmen Cevallos, Centro Internacional de Estudios Superiores de Comunicación para América Latina, CIESPAL
• Secretario General: Luis Lascano, Escuela Politécnica Nacional, EPN
• Tesorero: Hugo Banda, Escuela Politécnica Nacional, EPN
• Vocales: Hervé Braynere (Alianza Francesa), Bernard Francou (Instituto de Investigaciones para el Desarrollo, IRD), Nicolás Cimbaro (Embajada de Francia), Washington Benítez (Instituto Internacional de Zoonosis, Universidad Central del Ecuador) Edmundo Estévez (Centro de Biomedicina, Universidad Central del Ecuador).
• Asesor Jurídico: Dr. Diego Almeida